NCBI BLAST是用于基因组学研究中的必要工具，BLAST全称为Basic Local Alignment Search Tool，中文意思为基本局部比对搜索工具。作为一个快速、准确且易于使用的数据库查询工具，NCBI BLAST可以帮助生物学家以各种方式研究DNA、RNA和蛋白质序列的相似性。
BLAST的基础原理
BLAST的基础原理是局部序列比对，其通过利用简单的比对算法，将一个长度比较短的序列与大型数据库中的最佳匹配进行比对。作为一种基于统计的比对算法，BLAST利用了两个主要的组成部分：查询序列和数据库。查询序列包括要进行比对的小型、限制长度的序列，而数据库则是到现在为止所有已知的DNA、RNA或蛋白质序列库的集合。
在BLAST的比对过程中，程序首先将查询序列的固定长度的部分（通常称为查询-包含-片段或q-快）与数据库搜索，从而确定与查询序列最为相似的一组比对序列。然后，BLAST根据这些序列的共同特征，推断出对于原始查询序列的最佳匹配。
BLAST的多种应用
BLAST可以帮助研究者完成许多不同的基因组学任务。BLAST可以被用于：
发现新的基因
确定新的基因结构
鉴定已知基因的功能以及其编码的蛋白质家族
在多种物种之间比较特定的基因或蛋白质序列
确定基因组的进化关系
确定基因组序列的进化之路
功能的不断完善
BLAST的性能不断提高，并且其新版本会不断推出新功能。NCBI发布的最新版本包括：protein BLAST（pBLAST）、nucleotide BLAST（nBLAST）、高度相似序列搜索工具（MEGABLAST）以及专门用于搜索EST的EST BLAST等。
其中，MEGABLAST利用预先处理数据的方式，加快了比对速度。EST BLAST可以通过比较EST（表达序列标记）和基因组预测的序列，寻找比对结果。此外，BLAST还拥有很强的基于词串的搜索工具，可以找到一些翻译调位点在其中，协助研究者更好地理解进化、生物学、遗传学方面的问题。
总结
BLAST在基因组学研究中拥有很重要的地位，作为一种能够快速、准确地搜索DNA、RNA和蛋白质序列的工具，其被广泛应用于许多领域。BLAST的不断增强和完善，为生物学家们提供了更加高效、准确的数据处理和分析工具，进一步促进了基因组学领域的发展。